Program Studi  S1 PAI UMPO merupakan program studi yang bernaung di bahawa Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Ponorogo. Embrio pendirian Program Studi S1-PAI berdiri sejak tahun 1960, dengan diawali berdirinya Fakultas Tarbiyah Jurusan Pendidikan Agama Islam Institut Agama Islam Muhammadiyah (IAIM) Ponorogo yang berinduk ke Surakarta. Kemudian berdasarkan SK Menteri Agama RI Nomor 86 Tanggal 15 Agustus 1978, Jurusan tersebut mendapatkan status diakui. Mulai tahun Akademik 1982/1983 yang ditandai dengan keluarnya ketentuan pasing out bagi fakultas-fakultas cabang, maka tokoh-tokoh Muhammadiyah Daerah Ponorogo yang didukung oleh segenap eksponen pendidikan yang ada merintis berdirinya Universitas Muhammadiyah Ponorogo secara mandiri dengan menambah dua fakultas baru yaitu Fakultas Ekonomi dan FakultasTeknik. Dengan semangat idealisme yang tinggi dan perjuangan yang tak mengenal resa lelah, akhirnya keluarlah SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 0813/O/1986 tanggal 19 Nopember 1986 yang mengesahkan berdirinya Universitas Muhammadiyah Ponorogo.

Berdasarkan pada Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional (BAN-PT) No. 1696/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/III/2022 menyatakan bahwa Prodi S1 PAI UMPO mendapatkan pengakuan akreditasi dengan peringkat Akreditasi “A”. Prodi S1 PAI UMPO telah berperan aktif dalam mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi dalam bidang Pendidikan Agama Islam